A Universidade Franciscana tem por mantenedora a Sociedade Caritativa e Literária São Francisco de Assis, Zona Norte (SCALIFRA-ZN), entidade beneficente de caráter educacional, cultural e científico. A mantenedora de origem foi criada no ano de 1903 na cidade de São Leopoldo, RS. A expansão numérica da sede de escolas e a ampliação geográfica das instituições exigiu, em vista da melhor gestão: a reorganização administrativa o que originou, por desmembramento, a criação de nova entidade. Foi então, criada a Sociedade Caritativa e Literária São Francisco de Assis – Zona Norte  (SCALIFRA-ZN), com sede em Santa Maria – RS. A SCALIFRA-ZN é mantenedora de uma rede de escolas de educação básica atuando nos estados do Rio Grande do Sul, Paraná, Mato Grosso do Sul e no Distrito Federal e da instituição de ensino superior: a Universidade Franciscana.

Em suas finalidades estabelece: desenvolver a educação básica e superior com elevado padrão de qualidade; formar profissionais orientados por princípios éticos e valores cristãos; promover e divulgar o conhecimento visando a formação humana, científica, cultural e social; realizar a cooperação educacional e científica com instituições congêneres do país e do exterior.Através das instituições de ensino busca destacar e fortalecer a relevância da educação para a pessoa humana, acreditando no valor da educação da criança e do jovem como solução para a maioria dos problemas da sociedade.